Constitui competência estatutária do Instituto de Higiene e Medicina Tropical prestar serviços à comunidade, nos domínios da saúde pública e da medicina tropical.
A Consulta do viajante, consulta de medicina tropical e unidade de vacinação constitui hoje uma unidade de referência no País, assegurando o aconselhamento e apoio a viajantes e assistência nas áreas da Medicina Tropical/ Parasitologia.

O Laboratório Central presta serviços à comunidade no campo das análises clínicas, assegurando as análises de rotina pedidas pela Consulta e pelas Unidades de Ensino e Investigação (UEIs).
As UEIs, no âmbito das respectivas competências científicas, realizam análises de aplicação à clínica e de natureza sanitária. Os preços a cobrar nas consultas, vacinação e pela realização das análises são aprovadas pelo Director do Instituto.