A Unidade de Ensino e Investigação de Microbiologia Médica tem uma missão que decorre da missão do Instituto de Higiene e Medicina Tropical, encontrando-se empenhada em contribuir para o ensino (de pré e pós-graduação) e para o progresso da investigação científica nas grandes áreas temáticas da bacteriologia médica, da micologia médica e da virologia médica, nomeadamente, nas áreas especializadas da tuberculose, das doenças de transmissão sexual, incluindo VIH/SIDA, das doenças microbianas oportunistas, zoonóticas e transmitidas por vectores e da resistência aos agentes quimioterapêuticos antimicrobianos e antivirais.
As suas capacidades (recursos humanos e conhecimento) são igualmente aplicadas em actividades de formação, incluindo a participação em acções de cooperação intra e interinstitucionais, em especial, no espaço lusófono. A prestação de serviços especializados à comunidade, particularmente, a execução de análises de aplicação à clínica e de natureza sanitária, muitas vezes, de um modo exclusivo em Portugal, é também um dos seus referenciais.
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