O IHMT, então denominada Escola Nacional de Medicina Tropical, foi criado em 24 de Abril de 1902 por Carta de Lei do Rei D. Carlos. Ao longo dos mais de cem anos de existência regeu-se sempre pelos objectivos do conhecimento cientifico dos problemas de saúde ligados ao meio tropical e intertropical. Desde 1958 que se encontra instalado no actual edifício, construído para o efeito.

O IHMT tem sido reconhecido nacional e internacionalmente, pela sua qualidade científica no âmbito do ensino pós-graduado.

No contexto das orientações estratégicas da UNL, o IHMT tem levado a cabo uma politica de intercâmbio com as restantes Unidades Orgânicas da Universidade, com vista a desenvolver novos programas de ensino e uma investigação interdisciplinar.

Também no domínio da Investigação Científica, o IHMT tem um nível de excelência reconhecido nacional e internacionalmente centrado sobretudo na Medicina Tropical e em áreas de saúde consideradas problemáticas dos países em desenvolvimento.

Na Cooperação para o Desenvolvimento o IHMT desenvolve a sua actuação no sentido de ser a instituição de referência nacional, com capacidade de conceber, programar, executar e avaliar projectos de cooperação para o desenvolvimento em saúde, sendo um interlocutor privilegiado dos governos dos países de língua portuguesa, no contexto da UNL.

O IHMT prossegue uma política de cooperação com diferentes Instituições nacionais e com Instituições e Organizações Internacionais, nomeadamente, o Secretariado Executivo da CPLP, as Escolas de Medicina Tropical Europeias, as Instituições de Saúde e de Ensino dos PALOP, a Organização Mundial de Saúde, a União Europeia e o Banco Mundial entre outros.