O IHMT tem uma missão que decorre da da UNL, dirigida às áreas das Ciências Biomédicas, Medicina Tropical e Saúde Internacional, visando o ensino, a investigação, a prestação de serviços à comunidade (clínicos, laboratoriais e de saúde pública), a contribuição para a resolução de problemáticas de vital importância para a saúde global em geral, e das regiões tropicais em particular, a cooperação e a divulgação do conhecimento científico.