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A UEI de Parasitologia Médica (UEIPM) do IHMT, nas áreas temáticas da sua competência – entomologia médica, protozoologia médica, helmintologia e malacologia médicas - assegura actividades no campo do ensino pós-graduado, da investigação científica, da prestação de serviços especializados à comunidade e de cooperação intra- e inter-institucional (nacional e internacional).

A UEIPM tem como objectivo geral o estudo das doenças parasitárias em Portugal e a nível internacional, com ênfase nos países lusófonos (CPLP), com o objectivo último de contribuir para o seu controlo. Nas suas múltiplas vertentes a UEIPM desenvolve:

1. O ensino e a formação avançada de recursos humanos (cursos e estágios de pós-graduação, especialização, mestrados e doutoramentos, no ramo das Ciências Biomédicas e formação técnica na área da Parasitologia Médica).
2. A investigação dos agentes e respectivos hospedeiros/vectores de doenças transmitidas por artrópodes ou moluscos, das quais se destacam a malária, as leishmanioses, as tripanossomoses (doença de Chagas e doença do sono), a schistosomose e a filariose linfática, que, no seu conjunto, constituem as principais causas de mortalidade e morbilidade por parasitoses a nível global. A UEIPM também desenvolve linhas de investigação em doenças cuja importância tem vindo a aumentar, no contexto das doenças tropicais negligenciadas (e.g. geo-helmintoses), das infecções emergentes/re-emergentes (e.g. babesiose, vectores de Febre de Dengue e Febre do Nilo Ocidental), e das infecções oportunistas (e.g. criptosporidiose, toxoplasmose) e das infecções por protozoários intestinais (e.g. giardíase e amebíase).
3. O apoio à comunidade e prestação de serviços, abrangendo o diagnóstico laboratorial, estudos de monitorização, de impacte ambiental e propostas de medidas de controlo e ligações com a indústria.

Todas estas vertentes incluem investigação sobre: interacção parasita-hospedeiro, sistemática, epidemiologia, imunologia, bio-ecologia e genética de populações, diagnóstico, imunização e farmacoterapia (fármaco-resistência, novos alvos terapêuticos e novos fármacos anti-parasitários), com vista à prevenção e controlo. A ligação à Indústria e a inclusão de novas vertentes de acordo com as agências financiadoras será sempre uma prioridade. A UEI de Parasitologia Médica integra professores e investigadores com diferentes experiências e especializações de modo coeso e multidisciplinar, num contexto de colaboração intra- e inter-institucional, e através de networking internacional.