Sofia G. Seabra

Sofia G. Seabra concluiu o doutoramento em Biologia (Biologia Evolutiva) pela Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (FCUL) em 2007. Desde Abril de 2020 tem um contrato institucional CEEC (https://doi.org/10.54499/CEECINST/00102/2018/CP1567/CT0040) como Investigadora Auxiliar na Unidade de Ensino e Investigação em Saúde Pública Global do Instituto de Higiene e Medicina Tropical da Universidade NOVA de Lisboa (IHMT-NOVA).

Foi investigadora principal no projeto exploratório interno GHTM ‘WasteWaterVir – Integrating metavirome analysis of wastewaters into tools for surveillance of infectious diseases’ e é membro da equipa no projeto financiado pelo programa We’Search (FCG/La Caixa) “Airway colonization and microbiome in relation to asthma and atopy in children from Cabo Verde- RESPIRA-CV”, no projeto da FCT ‘Minimizing the emergence and dissemination of HIV-1 drug resistance in PALOPs through an evidence-based portable high-throughput sequencing and computational approach’, e no projeto Horizon Europe “EuCARE: European Cohorts of Patients and Schools to Advance Response to Epidemics”.

Orientou vários alunos de pós-graduação e participou em comissões de avaliação em teses de doutoramento e mestrado. Leciona Bioestatística nos Programas Doutorais do IHMT ‘Ciências Biomédicas’ e ‘Saúde Internacional’ e Epidemiologia Molecular no Mestrado da NOVA ‘Biologia Computacional e Bioinformática’.

Organiza e leciona cursos de curta duração relacionados com bioinformática: “Crash Course: Utilização da linha de comandos” e “Python Aplicado às Ciências Biomédicas”. É membro do Conselho do IHMT-NOVA desde dezembro de 2022 e membro da Comissão Científica do Programa Doutoral em Saúde Internacional desde 2022.

Aplico a minha experiência em genómica e bioinformática na investigação de questões de saúde pública:

– Deteção viral e sequenciação de amostras de águas residuais para contribuir para a vigilância de doenças emergentes com base nas águas residuais;

– Caracterização genética do microbioma para compreender padrões de diversidade e diferenciação de: microbioma de insetos vetores; microbioma respiratório humano;

– Diversidade genómica e filodinâmica do vírus Zika, para identificar padrões de diferenciação e propor um sistema de classificação dinâmico que reflita os níveis de divergência.

 

Também contribuo na gestão e análise estatística de dados em diversos projetos:

– Rastreio serológico SARS-CoV2 num inquérito municipal de grande escala em Cascais, Área Metropolitana de Lisboa;

– Fase piloto do Repositório de dados da Investigação POLEN (FCT-FCCN).

1. Seabra SG, Merca F, Pereira B, Fonseca I, Carvalho AC, Brito V, Alves D, Libin P, Martins MRO, Miranda MNS, Pingarilho M, Pimentel V & Abecasis AB (2024). Serological screening in a large-scale municipal survey in Cascais, Portugal, during the first waves of the COVID-19 pandemic: Lessons for future pandemic preparedness efforts. Frontiers in Public Health, 12, 1326125. https://doi.org/10.3389/fpubh.2024.1326125
2. Seabra SG, Libin PJK, Theys K, Zhukova A, Potter BI, Nebenzahl-Guimaraes H, Gorbalenya AE, Sidorov IA, Pimentel V, Pingarilho M, Vasconcelos ATR, Dellicour S, Khouri R, Gascuel O, Vandamme A-M, Baele G, Cuypers L, Abecasis AB (2022). Genome-wide diversity of Zika virus: Exploring spatio-temporal dynamics to guide a new nomenclature proposal. Virus Evolution, 8, 1–15. https://doi.org/10.1093/ve/veac029
3. Seabra SG, Rodrigues ASB, Silva SE, Neto AC, Pina-Martins F, Marabuto E, … Octávio S. 2021. Population structure, adaptation and divergence of the meadow spittlebug, Philaenus spumarius (Hemiptera, Aphrophoridae), revealed by genomic and morphological data. PeerJ, 9, e11425. https://doi.org/10.7717/peerj.11425
4. Seabra SG, Silva SE, Nunes VL, Sousa VC, Martins J, Marabuto E, Rodrigues ASB, Pina-Martins F, Laurentino TG, Rebelo MT, Figueiredo E, Paulo OS. 2019. Genomic signatures of introgression between commercial and native bumblebees, Bombus terrestris, in western Iberian Peninsula – implications for conservation and trade regulation. Evolutionary Applications, 12, 679–691. https://doi.org/10.1111/eva.12732
5. Seabra SG, Fragata I, Antunes MA, Faria GS, Santos MA, Sousa VC, Simões P & Matos M. 2018. Different genomic changes underlie adaptive evolution in populations of contrasting history. Molecular Biology and Evolution, 35, 549–563. https://doi.org/10.1093/molbev/msx247