O Conselho é um órgão do IHMT que define as orientações estratégicas e acompanha a política geral do Instituto. Compete-lhe também eleger o Diretor, apreciar a atuação deste e a do Conselho de Gestão e auditar a gestão do IHMT.
Sob proposta do Diretor, cabe ao Conselho, ainda, aprovar o plano de ação para o quadriénio do mandato do Diretor, o plano anual de atividades, a proposta de orçamento e as contas anuais.
Agrupa 15 membros, escolhidos entre professores e investigadores da instituição, um estudante, um funcionário não docente e não investigador e quatro personalidades externas à Universidade NOVA de Lisboa.