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Home / Archives for De Oliveira T

De Oliveira T

Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: Performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools

  • Autores: Abecasis AB, Camacho RJ, De Oliveira T, Deforche K, Faria NR, Gomez-Lopez A, Imbrechts S, Libin P, Pineda-Peña AC, Vandamme AM
  • Ano de Publicação: 2013
  • Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23660484

To investigate differences in pathogenesis, diagnosis and resistance pathways between HIV-1 subtypes, an accurate subtyping tool for large datasets is needed. We aimed to evaluate the performance of automated subtyping tools to classify the different subtypes and circulating recombinant forms using pol, the most sequenced region in clinical practice. We also present the upgraded version 3 of the Rega HIV subtyping tool (REGAv3).
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RegaDB: Community-driven data management and analysis for infectious diseases

  • Autores: Alcantara LCJ, Assel M, Ayouba A, Beheydt G, Boucher C, Camacho RJ, Carvalho AP, Cavaco-Silva J, De Bel A, De Munter P, De Oliveira T, Deforche K, Ferreira F, Grossman Z, Imbrechts S, Kaiser R, Lacor P, Lapadula G, Libin P, Otelea D, Paraschiv S, Peeters M, Ruelle J, Sloot P, Snoeck J, Theys K, Torti C, Van Laethem K, Van Wijngaerden E, Vandamme AM, Wesner S, Zazzi M
  • Ano de Publicação: 2013
  • Journal: Bioinformatics
  • Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23645815

RegaDB is a free and open source data management and analysis environment for infectious diseases. RegaDB allows clinicians to store, manage and analyse patient data, including viral genetic sequences. Moreover, RegaDB provides researchers with a mechanism to collect data in a uniform format and offers them a canvas to make newly developed bioinformatics tools available to clinicians and virologists through a user friendly interface.
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Comparative performance of the REGA subtyping tool version 2 versus version 1

  • Autores: Abecasis AB, Camacho RJ, De Oliveira T, Imbrechts S, Libin P, Vandamme AM, Wang Y
  • Ano de Publicação: 2010
  • Journal: Infection Genetics and Evolution
  • Link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Comparative+performance+of+the+REGA+subtyping+tool+version+2+versus+version+1

The REGA HIV-1 subtyping tool is a phylogenetic-based method for subtyping HIV-1 genomic sequences that was published in 2005. The subtyping tool combines phylogenetic approaches with recombination detection methods.
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